James Sunderland ha llegado al pueblo de Silent Hill después de haber recibido una carta de su esposa, Mary, a pesar de que había muerto de una enfermedad hace tres años. La carta afirma que Mary está a la espera de James en su "lugar especial", lo que confunde a James, ya que todo el pueblo de Silent Hill era su "lugar especial", pero finalmente decide dirigirse a Rosewater Park. Después de salir de la plataforma de observación del pueblo y viajando hacia Silent Hill, James cruza el cementerio Toluca y se encuentra a Angela Orosco, una adolescente que llegó al pueblo en busca de su madre, su hermano y su padre. Cuando James llega a Silent Hill descubre que no es el mismo pueblo, hermoso como lo fue en el pasado. Además de la extraña niebla omnipresente, el pueblo entero parece estar deteriorado y abandonado. Monstruos macabros, apenas humanoides están vagando por las calles y tratando de atacar a James cuando sea posible. Cuando descubre que el camino hacia su primer destino, el parque Rosewater, está cortado, James decide viajar a través de un complejo de apartamentos para llegar a lo que él cree que podría ser el "lugar especial" que Mary mencionó en su carta.

Woodside apartments

Una vez dentro de los apartamentos, James se encuentra con una pequeña niña la cual le pisa su mano y se va corriendo. Poco después, se encuentra con Pyramid Head, un monstruo humanoide cuya cabeza está completamente oscurecida por un casco gigante piramidal de metal que le protege contra cualquier cosa que James posee en su inventario. James más tarde se encuentra con un joven obeso, Eddie Dombrowski, mientras vomita en uno de los baños del apartamento. Eddie responde de una manera muy a la defensiva de las preguntas que James le hace sobre un cadáver en el refrigerador del apartamento. Luego de esto, James se encuentra con Angela de nuevo, la cual piensa en el suicidio mientras está acostada en el suelo con un cuchillo en la mano frente a un gran espejo. James la convence para que le entregue el cuchillo por su propia seguridad, después de lo cual huye con un pánico inusual.

Cuando James llega finalmente al parque Rosewater conoce a una mujer llamada María, la cual luce casi idéntica a su difunta esposa, Mary, pero vestida con un atuendo más provocativo y una actitud más insolente. Durante sus viajes, ella le revela cosas que sólo él o Mary sabrían, y actúa de una manera muy seductora hacia James. María acompaña a James en su intento de llegar a su segundo supuesto "lugar especial", el hotel Lakeview. James entra en el Pete's Bowl-O-Rama, donde se encuentra con Eddie nuevamente. Luego, aparece de nuevo la niña, la cual huye cuando James la ve. Eddie le revela a James que su nombre es Laura. En el exterior, María afirma haber visto a Laura y, por su preocupación hacia ella, le dice a James para tratar de seguirla. Su búsqueda los lleva al hospital Brookhaven, donde María se enferma, e insiste en descansar en una de las habitaciones del mismo.

Laura en una de las calles de la ciudad

James encuentra a Laura en una de las habitaciones, pero se enfada con ella por que afirma haber conocido a Mary desde el año pasado, en clara contradicción con su creencia de que ha muerto hace tres años. Luego de esto, Laura lo encierra en una habitación llena de monstruos colgados en jaulas (los Flesh Lips), bajo el pretexto de que ahí se encontraba una carta de su esposa. Después de que los derrota, el hospital sufre un dramático cambio repentino hacia el Otro Mundo, donde James vuelve a la habitación del hospital para descubrir que María ya no está. James se encuentra posteriormente a María en el sótano del hospital, sin embargo, María se enfurece, alegando que James la había abandonado. Después de calmarse, insiste en encontrar a Laura. Pyramid Head aparece de nuevo y persigue a James y a María a través del sótano del hospital. Pyramid Head logra matar a María mientras tratan de escapar a través de un ascensor. De nuevo, solo y triste por la pérdida de María, James decide volver a centrarse en su objetivo original de su búsqueda por Mary. Él deja el hospital y encuentra una llave enterrada debajo de una estatua en el parque Rosewater, lo que lo lleva a la Sociedad Histórica de Silent Hill.
Mariacell María en el Laberinto.
La Sociedad Histórica de Silent Hill en realidad contiene dos niveles que no se aprecian en el mapa del pueblo: la prisión Toluca y el Laberinto, en el que reside Pyramid Head. En esta zona, James encuentra a María, milagrosamente viva y encerrada en una celda de la prisión, la cual le sorprende con recuerdos de Mary. Él le dice que la sacará de ahí, pero al salir y luego volver y entrar en la celda, James descubre que ha sido asesinada una vez más. La siguiente área, en la que James se reúne con Angela, ofrece la historia de por qué Angela y Eddie están en el pueblo. Un recorte de periódico indica que Angela mató a su padre, quien abusó de ella con la complicidad de su madre. James salva a Angela de una monstruosa manifestación de su padre, pero luego ella se vuelve hostil hacia James. Se revela que Eddie sufrió de años de abuso verbal por parte de sus compañeros. Él mató al perro de un jugador de fútbol y luego le disparó en la pierna al dueño del mismo. También queda claro que a su llegada a Silent Hill, se volvió loco, viendo a todos como si se estuvieran burlando de él, y recurrió a matar a cualquiera con el que se encontrara. La primera vez él intenta explicar los cuerpos que ha dejado durante su estancia en Silent Hill, pero al final se enemista de James también, y éste se ve obligado a matarlo para poder continuar. James se siente apenado por haber matado a Eddie, y después de este punto, James cuestiona su comprensión de los acontecimientos que condujeron a su llegada al pueblo. Además, la carta que supuestamente recibió de Mary se queda en blanco, lo que indica que la carta en sí fue algo que hizo la propia mente de James, y que en realidad nunca existió en primer lugar.
James logra salir del Laberinto y rema en barco hasta el hotel Lakeview, con la esperanza de encontrar a Mary. Una vez allí, se encuentra una vez más con Laura, y ella le da la carta de la cual antes ella supuestamente le mintió a James; la misma revela que Mary quería adoptarla, lo que al mismo tiempo confirma las afirmaciones de Laura sobre conocer a Mary desde el año pasado. La verdad final es mostrada a James cuando éste ve una cinta de vídeo que al parecer dejó en el hotel hace tres años, la cual demuestra que mató a su esposa, quien padecía de una enfermedad terminal, asfixiándola con una almohada. Laura, la cual estaba lista para salir del pueblo, se encuentra a James y él le revela la verdad. Laura se enoja con él por haber matado a Mary, y a continuación, sale de la habitación en silencio. En la radio que James ha estado llevando y que le advertía de la presencia de monstruos suena un mensaje de Mary, pidiéndole que la encuentre. James explora el resto del hotel, descubriendo que ahora está completamente húmedo y podrido, y aparenta ser nada más que los restos de un edificio que se ha quemado previamente a causa de un incendio. James encuentra a Angela en unas escaleras en llamas, y ella le pide que le devuelva el cuchillo para poder suicidarse. James se rehúsa a dárselo. Cuando Angela sube por las escaleras, James le dice que la habitación está sorprendentemente caliente, a lo que ella responde que siempre fue así para ella, lo que significa que su vida siempre fue un infierno. A continuación, sube completamente las escaleras, y desaparece entre las llamas.
LM-SH2Pictures001 James encuentra a Mary en la parte superior de la escalera.
El final se acerca, James encuentra a otra resucitada María, atada y gritando por ayuda, pero es rápidamente asesinada por dos Pyramid Head. James se da cuenta de que han sido creados para castigarlo por sus pecados, y, acto seguido, los confronta. Después de que se ven gravemente debilitados, cometen suicidio con sus propias lanzas, para indicar que su propósito ha sido cumplido. James cruza un pasillo donde escucha una conversación previa que tuvieron él y Mary, cuando ella aún estaba viva; en esta conversación, James le da algunas flores, pero ella no las acepta, afirmando que ella es demasiado repugnante como para merecer las flores y le grita con furia a James. Al final de esta conversación, Mary desesperadamente le suplica a James que se quede con ella. James entra en un complejo metálico de gran tamaño con una larga escalera. En la parte superior de la escalera, se encuentra con una mujer (dependiendo del final, la mujer puede ser María o Mary) la cual se transforma en una manifestación del dolor de Mary. Después de que James la derrota, el juego llega a su fin y se muestra uno de los siguientes finales.